علی مطهری در ادامه حمایت از سران فتنه و تلاش برای رفع حصر آن‌ها، در نامه‌ای به رئیس‌جمهور دوباره رفع حصر سران فتنه را از وی خواستار شد و در پایان، رئیس‌جمهور را در صورت مسامحه در انجام این درخواست، به طرح پرسش در مجلس تهدید کرد. مطهری در این نامه برای مستند و قانونی نشان دادن درخواستش، به اصل‌هایی از قانون اساسی متوسل شده و حصر سران فتنه بدون حکم قضایی و اجازه نداشتن آن‌ها برای دفاع از خود را خلاف قانون اساسی دانسته است. در اینجا برای اجتناب از اطناب و ورود به بخش‌های مختلف ادعای وی که پاسخ‌های خود را دارد، به یک نکته که به‌نظر جامعیت لازم را دارد، بسنده می‌شود.

مطهری در بخشی از نامه خود آورده است: «... مسئله حصر خانگی آقایان حجت‌الاسلام کروبی و مهندس میرحسین موسوی، سه سال و هشت ماه است که برخلاف اصول متعدد قانون اساسی بدون حکم قضایی و اینکه آن‌ها اجازه دفاع از خود داشته باشند، ادامه دارد. ممکن است حکم اولیه شورای عالی امنیت ملی مبنی بر حصر خانگی این دو که در شرایط اضطراری صادر شده، برای مدت موقت - مثلاً یک ماه - و تا زمان بازگشت شرایط عادی به جامعه، قابل پذیرش باشد؛ اما ادامه آن بدون حکم قضایی قطعاً وجاهت قانونی، شرعی و اخلاقی ندارد و خلاف فصل سوم قانون اساسی است.»

ظاهراً آقای مطهری حکم اولیه شورای عالی امنیت ملی را پذیرفته؛ اما درباره زمان و شرایط، حرف دیگری دارد. با مراجعه به قانون اساسی که مبنای ادعای آقای مطهری است، معلوم می‌شود که اصل یکصدوهفتاد و ششم آن، مشخصاً مربوط به «شورای عالی امنیت ملی» است. در بخشی از این اصل آمده است: «به‌منظور تأمین منافع ملی و پاسداری از انقلاب اسلامی و تمامیت ارضی و حاکمیت ملی، «شورای عالی امنیت ملی» به ریاست رئیس‌جمهور با وظایف زیر تشکیل می‌گردد:

1- تعیین سیاست‌های دفاعی - امنیتی کشور در محدوده سیاست‌های کلی تعیین‌شده از طرف مقام رهبری.

2- هماهنگ نمودن فعالیت‌های سیاسی، اطلاعاتی، اجتماعی، فرهنگی و اقتصادی در ارتباط با تدابیر کلی دفاعی - امنیتی.

3- بهره‌گیری از امکانات مادی و معنوی کشور برای مقابله با تهدیدهای داخلی و خارجی.

اعضای شورا عبارتند از: رؤسای قوای سه‌گانه. رئیس ستاد فرماندهی کل نیروهای مسلح، مسئول امور برنامه و بودجه، دو نماینده به انتخاب مقام رهبری، وزرای امور خارجه، کشور، اطلاعات، حسب مورد وزیر مربوط و عالی‌ترین مقام ارتش و سپاه...»

اصل فوق، ماهیت امنیتی بودن این شورا و ابعاد آن را کاملاً مشخص کرده است. معنای اصلی و کلان آن، این است که هر موضوعی به این شورا احاله شود، دارای بعد امنیتی است و دیگر اینکه موضوعات مهم امنیتی خاص باید به این شورا ارجاع داده شود. از آنجایی که سران قوا و از جمله رئیس قوه قضائیه در این شورا حضور دارند، مسائل قضایی که ابعاد امنیتی پیدا می‌کنند، از نظر قانونی که از فحوای این اصل استنباط می‌شود، تابع نظر این شورا است و دیگر زمان و شرایط در آن دخیل نیست مگر به تشخیص شورا. زمانی که شورا تشخیص داد به هر دلیلی جنبه امنیتی موضوع منتفی شده و آن را از حیطه وظایف خود خارج ساخت، موضوع در محل مربوط به خودش رسیدگی می‌شود. بنابراین تا زمانی که نظر شورای عالی امنیت ملی بر حصر سران فتنه است، این حصر کاملاً قانونی است و هیچ مغایرتی با سایر اصول قانون اساسی ندارد.